Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10316/98428
Title: Infeção por Pseudomonas aeruginosa no Serviço de Urologia e Transplantação Renal: Epidemiologia e Resistência a Antimicrobianos
Other Titles: Pseudomonas aeruginosa Infection in the Urology and Kidney Transplantation Unit: Epidemiology and Antimicrobial Resistance
Authors: Almeida, Mariana Isabel Duarte
Orientador: Parada, Belmiro Ataíde Costa
Nogueira, Célia Laurinda Santos
Keywords: Pseudomonas aeruginosa; Serviço de Urologia; Epidemiologia; Fatores de Risco; Resistência a Antimicrobianos; Pseudomonas aeruginosa; Urology Department; Epidemiology; Risk Factors; Antimicrobial Resistance
Issue Date: 7-Jun-2021
Serial title, monograph or event: Infeção por Pseudomonas aeruginosa no Serviço de Urologia e Transplantação Renal: Epidemiologia e Resistência a Antimicrobianos
Place of publication or event: Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra (Instituto de Microbiologia), Centro Hospitalar e Universitário de Coimbra (Serviço de Urologia e Transplantação Renal)
Abstract: Pseudomonas aeruginosa é um patógeno oportunista frequentemente associado a infeções associadas aos cuidados de saúde (IACS), com uma elevada taxa de morbimortalidade, particularmente em imunocomprometidos. O desenvolvimento de mecanismos de resistência limita a eficácia das terapêuticas atualmente empregues. O objetivo deste estudo foi identificar os fatores de risco para a infeção por P. aeruginosa e caracterizar o padrão de suscetibilidade antimicrobiana deste microrganismo, bem como os mecanismos responsáveis pela resistência à colistina, a última linha no tratamento destas infeções.Realizou-se um estudo longitudinal caso-controlo desde novembro de 2019 a dezembro de 2020, com recolha de informação clínica de doentes acompanhados no Serviço de Urologia e Transplantação Renal do Hospital Universitário de Coimbra, com diagnóstico de infeção por P. aeruginosa, bem como de um grupo controlo, sem infeção. Nos isolados clínicos de P. aeruginosa foi testada a sensibilidade aos antibióticos, bem como a presença dos genes mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 e mcr-5 através de PCR. De modo a estudar o ambiente hospitalar como potencial fonte de infeção, foram obtidas 13 amostras ambientais. Foram incluídos no estudo 92 doentes com infeção por P. aeruginosa. Destes, 70 eram homens (76,1%), com uma idade média de 67,77 ± 16,66 anos, sendo que 30 eram imunodeprimidos. As infeções mais frequentes foram: do trato geniturinário – 69,6%, de ferida cirúrgica – 12,0%, do trato respiratório – 9,8% e sépsis de origem indeterminada – 4,3%. A percentagem de resistência às classes de antibióticos foi de: fluoroquinolonas – 65,2%, penicilinas – 50,0%, cefalosporinas – 47,8%, carbapenemes – 39,1%, aminoglicosídeos – 25,0% e aztreonam – 22,8%. Trinta e cinco estirpes (38,0%) foram consideradas multidrug-resistant e 8 (8,7%) foram consideradas extensively drug-resistant. A deteção dos genes mcr por PCR revelou a presença do mcr-1 em uma estirpe (3,2%), do mcr-2 em 4 estirpes (12,9%), do mcr-4 em 20 estirpes (64,5%), e do mcr-5 em uma estirpe (3,2%), dos 31 isolados recuperados, sendo que apenas 1 estirpe se revelou resistente à colistina. Verificou-se não existir associação entre a presença de genes mcr e a resistência fenotípica à colistina (p=0,451). As colheitas ambientais revelaram a presença de P. aeruginosa em 4 das 13 colheitas. Sessenta e nove infeções (75,0%) foram consideradas IACS, tendo 44 destas (63,8%) provável origem hospitalar. O número de dias de internamento atual (OR=1,139, 95% IC [1,055-1,230]), a realização de cirurgia nos 3 meses anteriores (OR=41,225, 95% IC [4,355-390,230]) e as infeções nos 3 meses anteriores (OR=4,944, 95% IC [1,989-12,285]) constituíram fatores de risco independentes para a infeção.A monitorização do perfil epidemiológico da infeção por P. aeruginosa e a identificação dos seus mecanismos de resistência permite atuar na sua prevenção.
Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen commonly associated with healthcare-associated infections with high rates of morbimortality, particularly in immunocompromised patients. The development of resistance mechanisms limits the efficacy of current therapeutic approaches. The aim of this study was to identify risk factors for P. aeruginosa infection and to characterize the antimicrobial resistance pattern of P. aeruginosa isolates, as well as the colistin resistance mechanisms, the last therapeutic option in the treatment of those infections.A prospective study with case-control analysis was conducted between November 2019 and December 2020, with collection of clinical data from patients attending the Urology and Kidney Transplantation Unit of Coimbra’s University Hospital infected with P. aeruginosa, as well as from a control group, without infection. In the clinical isolates, antimicrobial susceptibility was tested and genes that mediated colistin resistance, mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 and mcr-5 were detected by PCR. In order to study the hospital environment as a potential source of the infection, 13 samples were obtained from hospital surfaces.Ninety-two patients with P. aeruginosa infection were included. Of those, 70 were males (76.1%) with a mean age was 67.77 ± 16.66 years old, 30 being immunosuppressed. The most common infections were: genitourinary – 69.6%, surgical wound – 12.0%, respiratory tract – 9.8% and sepsis with unknown focus – 4.3%. The percentage of P. aeruginosa showing resistance to antibiotic classes were: fluoroquinolones – 65.2% penicillins – 50.0%, cephalosporins – 47.8%, carbapenems – 39.1%, aminoglycosides – 25.0% and aztreonam – 22.8%. Thirty-five strains (38.0%) were considered multidrug-resistant and 8 (8.7%) were considered extensively drug-resistant. The detection of mcr genes by PCR revealed the presence of mcr-1 in 1 strain (3.2%), of mcr-2 in 4 strains (12.9%), of mcr-4 in 20 strains (64.5%) and of mcr-5 in 1 strain (3.2%), of the 31 recovered isolates, whereby only 1 strain showed to be colistin resistant. No association was found between the presence of the mcr genes and colistin resistance (p=0.451). The environmental samples revealed the presence of P. aeruginosa in 4 of the 13 studied surfaces. Sixty-nine infections (75.0%) were considered healthcare-associated, 44 of those (63.8%) having likely hospital origin. The length of stay (OR=1.139, 95% IC [1.055-1.230]), previous surgery in the preceding 3 months (OR=41.225, 95% IC [4.355-390.230]) and the infections in the preceding 3 months (OR=4.944, 95% IC [1.989-12.285]) showed to be independent risk factors for the infection. The monitoring of the epidemiological trait of P. aeruginosa and the identification of resistance mechanisms allows carrying over preventive actions.
Description: Trabalho Final do Mestrado Integrado em Medicina apresentado à Faculdade de Medicina
URI: http://hdl.handle.net/10316/98428
Rights: embargoedAccess
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