SARS-CoV-2 detection methods: where are we now?

Abstract

SARS-CoV-2 (Síndrome Respiratória Aguda Grave Coronavírus 2) é um coronavírus (CoVs) que pertence à família Coronaviridae e ao género Betacoronavirus, sendo considerado o maior grupo de vírus que causam infeções respiratórias e gastrointestinais em humanos e animais. Os primeiros casos da doença provocada pelo novo membro dos CoVs em humanos (Doença causada pelo Coronavírus 2019 (COVID-19)) surgiram em dezembro de 2019 na cidade de Wuhan, na China. SARS-CoV-2 é um vírus com uma maior capacidade de infeção em humanos, tendo por comparação outros CoVs do mesmo género já descobertos. Num curto período de tempo, este vírus causou milhares de infeções e mortes na China, e consequentemente, disseminou-se pelo mundo, sendo declarada a situação pandémica pela Organização Mundial da Saúde em março de 2020. Por falta de tratamentos específicos, vacinas e testes de deteção, a COVID-19 é um grande problema de saúde pública. Contudo, os métodos de deteção atualmente utilizados baseiam-se em métodos invasivos, nomeadamente a aplicação de zaragatoas no nariz ou na boca para retirar células da nasofaringe ou orofaringe, respetivamente. Nos últimos anos, o interesse por procedimentos minimamente invasivos tem crescido na medicina, o que levou a um maior sucesso das análises baseadas em fluidos biológicos, para diversas doenças e infeções. Ademais da nasofaringe e orofaringe, o vírus SARS-CoV-2 encontra-se principalmente no trato respiratório inferior. A deteção do vírus na saliva, fezes e urina tem sido reportada e, até o momento, não foi relatada nenhuma informação sobre qual amostra biológica permite maior sensibilidade. Além disso, é necessário estabelecer métodos mais adequados para a deteção de SARS-CoV-2 em indivíduos assintomáticos e/ou em fase pré-sintomática, os quais são mais adequados para estudos da população em geral.Neste trabalho reportamos as principais características do SARS-CoV-2 e da COVID-19 e analisamos os testes disponíveis para a deteção do SARS-CoV-2.

SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) is a coronavirus (CoVs) that belongs to the family Coronaviridae and the genus Betacoronavirus, considered to be the largest group of viruses causing respiratory and gastrointestinal infections in humans and animals. The first cases of the disease caused by the new member of CoVs in humans (Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)) appeared in December 2019 in the city of Wuhan, in China. SARS-CoV-2 is a virus with a higher human infection capacity, compared to other CoVs of the same genus already discovered. In a short time, this virus caused thousands of infections and deaths in China, and consequently, has been propagating throughout the world, being recognized a pandemic by the World Health Organization (WHO) on March of 2020. Owing to the lack of specific treatments, vaccines and screening methods, COVID-19 has become a major public health problem. However, detection methods currently used are based on invasive methods, namely the use of swabs through the nose or mouth to scrap cells from the nasopharynx or oropharynx, respectively. In recent years, the interest for minimally invasive procedures has grown in medicine, leading to greater success in the biological fluids-based evaluation, for several diseases and infections. Aside from the nasopharynx and oropharynx, the SARS-CoV-2 virus is found mostly in the lower respiratory tract. SARS-CoV-2 detection in saliva, stool and urine has been reported, and to this date, no data were disclosed about which biological sample allows higher sensitivity. Also, it is needed to establish the methods most suited for SARS-CoV-2 detection in asymptomatic individuals and/or at a presymptomatic stage, which are more suitable for population-wide studies.In this work, we review the key features of SARS-CoV-2 and COVID-19 and analyse the testing methods available to detect SARS-CoV-2 presence.