Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10316/82173
Title: Genetic Variability of DNMT genes - Role in Chronic Lymphocytic Leukaemia predisposition and prognosis
Other Titles: Variabilidade genética nos genes das DNMT - Papel na predisposição e prognóstico da Leucemia Linfocítica Crónica
Authors: Naia, Maria Beatriz Rebelo Pinto Freitas da 
Orientador: Ribeiro, Ana Bela Sarmento Antunes Cruz
Gonçalves, Ana Cristina Pereira
Keywords: DNA metil-transferase 1; DNA metil-transferase 3A; Epigenética; Leucemia Linfocítica Crónica; Polimorfismos de um nucleótido; DNA methyl-transferase 1; DNA methyl-transferase 3A; Epigenetics; Chronic Lymphocytic leukaemia; Single nucleotide polymorphisms
Issue Date: 28-Sep-2018
Serial title, monograph or event: Genetic Variability of DNMT genes - Role in Chronic Lymphocytic Leukaemia predisposition and prognosis
Place of publication or event: Laboratório de Oncobiologia e Hematologia da Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra
Abstract: Background e objetivos – A leucemia linfocítica crónica (LLC) é uma neoplasia hematológica que afeta as células B maduras e alterações no perfil de metilação do DNA têm vindo a ser associadas com o seu desenvolvimento. A metilação do DNA é catalisada por DNA metiltransferases (DNMTs). As DNMT3A e DNMT3B são responsáveis pela metilação de novo tendo maior afinidade por DNA não metilado. A DNMT1 é responsável pela manutenção do perfil de metilação apresentando maior afinidade por DNA hemi-metilado. Além disso, a variabilidade genética poderá contribuir para o desenvolvimento da LLC, nomeadamente através dos polimorfismos de nucleótido único (SNPs). Contudo, continua por esclarecer o papel da variabilidade genética nas DNMTs. Com o presente trabalho pretendemos estudar o papel de dois SNPs nas DNMTs, DNMT1 (rs2228611) e DNMT3A (rs1550117), no desenvolvimento e no prognóstico da LLC de modo a identificar potenciais fatores de risco e marcadores de prognósticoMateriais e Métodos – Neste sentido, os SNPs DNMT1 (rs2228611) e DNMT3A (rs1550117) foram genotipados em 170 doentes e 170 controlos, por tetra-primer amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR). A frequência alélica e genotípica [genótipos isolados ou combinados em perfis genotípicos (PG)] foram determinadas e comparadas entre doentes e controlos. A identificação de fatores de risco e de prognóstico foi realizada através do teste exato de Fisher. Por último, o impacto dos polimorfismos na sobrevivência global foi analisado pelo método de Kaplan-MeierResultados e Discussão – Nenhum dos dois polimorfismos [DNMT1(rs2228611) e DNMT3A(rs1550117)] estava associado a suscetibilidade de LCC. Contudo, observou-se que o genótipo GA da DNMT1 estava associado a uma maior propensão de alterações citogenéticas [Odds ratio (OR)=2.160; 95% intervalo de confiança (IC)=1.050-4.640; p=0.042)], sendo esta associação mais forte nos homens (OR=3.265; 95%(IC)=1.230-8.337; p=0.026). Este genótipo estava associado com a presença de del(17p) nos doentes com LLC (OR=2.806; 95% (IC)=1.126-7.060; p=0.032), mais especificamente nas mulheres (OR=5.850; (95%)CI=1.201 to 28.550; p=0.041). Adicionalmente, os doentes com LCC e que têm o PG DNMT1 AA/DNMT3A GA (OR=8.400; 95%(CI)=1.946-40.630; p=0.019) e homens doentes com o genótipo DNMT3A GA (OR=3.889; 95%(CI) 1.102-16.140; p=0.043) têm uma maior probabilidade de ter uma doença de risco intermédio, de acordo com a estadiamento de Binet. Por último, os doentes com o genótipo GG da DNMT1, e nos doentes com o PG DNMT1 GG/DNMT3A GG tinham uma maior sobrevivência global.Conclusões – Este estudo sugere que os polimorfismos DNMT1 (rs2228611) e DNMT3A (rs1550117) não são fatores de risco de LLC mas poderão influenciar o prognóstico e a sobrevivência global dos doentes com LLC. Contudo, mais estudos devem ser realizados para confirmar estes resultados.
Background and Aims – Chronic lymphocytic leukaemia (CLL) is a malignant neoplasm that affects mature B cells. Epigenetic dysregulation, namely abnormal DNA methylation has been linked to CLL development. DNA methylation is catalysed by specific enzymes termed as DNA methyl-transferases (DNMTs). DNMT3A and DNMT3B are known as de novo DNMTs, while DNMT1 shows a higher affinity for hemi-methylated DNA. In addition, single nucleotide polymorphisms (SNPs) had been identified and linked to an increased risk for CLL development. However, genetic variability in DNMTs is not yet clarified. In this project, we studied the impact of two polymorphisms in DNMTs, DNMT1 (rs2228611) and DNMT3A (rs1550117), on CLL risk and prognosis, in order to identify new risk factors and prognostic markers.Materials and Methods – Two polymorphisms, one in DNMT1 (rs2228611) and another in DNMT3A (rs1550117), were genotyped in 340 individuals (170 CLL patients and 170 controls) using tetra-primer amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR). Allelic and genotypic frequencies [alone and combined in genotypic profiles (GP)] were determined and compared between patients and controls. Associations with clinical data were also evaluated by Fisher exact test. Lastly, the impact of these polymorphisms on overall survival was evaluated by Kaplan-Meier method.Results and Discussion – DNMT1 (rs2228611) and DNMT3A (rs1550117) polymorphisms were not associated with the susceptibility for CLL. However, DNMT1 GA genotype carriers have higher propensity to have cytogenetic abnormalities [Odds ratio (OR)=2.160; 95% confidence interval (CI)=1.050-4.640; p=0.042), being this association stronger in male patients (OR=3.265; 95%(CI)=1.230-8.337; p=0.026). This genotype was particularly associated with the presence of del(17p13) (OR=2.806; 95% (CI)=1.126-7.060; p=0.032), especially in female CLL patients (OR=5.850; (95%)CI=1.201 to 28.550; p=0.041). Besides that, the GP DNMT1 GG/DNMT3A GA was associated with absence of cytogenetic alterations (OR=0.130; 95%(CI)=0.010-0.909; p=0.042) and the GP DNMT1 AG/DNMT3A GG was associated with the presence of del(17p) in CLL patients (OR=2.531; 95%(CI)=1.074-5.908; p=0.036). Moreover, CLL patients carrying the GP DNMT1 AA/DNMT3A GA (OR=8.400; 95%(CI)=1.946-40.630; p=0.019) and male patients carrying DNMT3A GA genotype (OR=3.889; 95%(CI) 1.102-16.140; p=0.043) had an higher probability to have an intermediate risk disease according to Binet staging system. Finally, CLL patients carrying DNMT1 GG genotype and DNMT1 GG/DNMT3A GG GP have higher overall survival.Conclusions – This study suggests that these polymorphisms are not associated with the risk of CLL development but can have a prognosis value and influence overall survival. However, further analyses are needed to confirm these results.
Description: Dissertação de Mestrado em Investigação Biomédica apresentada à Faculdade de Medicina
URI: http://hdl.handle.net/10316/82173
Rights: embargoedAccess
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